1.利息。不管是公积金贷款还是住房商业贷款，二套房贷款的贷款利率是比首套房的贷款利率高不少的。
2.契税。二套房的契税要比首套房契税要多，以长沙为例，首套房≤90㎡，契税为1%，房屋面积＞90㎡，契税税率为1.5%。二套房不论房屋面积大小，契税税率均为4%。
二套房认定标准：
1、贷款购买过一套房，但是贷款已结清，再贷款买房算首套;若贷款未结清，算二套。
2、个人名下有两套房的商业贷款记录，一套已还清，另一套未还清，此时再贷款认定为二套房以上。
3、夫妻双方其中一方婚前买房使用商业贷款，另一方婚前购房用的是公积金贷款，婚后两人想要以夫妻名义共同贷款。若贷款已还清，银行金融机构可以根据借款人偿付能力、信用状况等具体因素灵活把握贷款利率和首付比例;若贷款未还清，算二套房以上。
4、准备结婚但是还没有领取结婚证的两个人，一方名下有房产和房贷未还清。另一方没有任何房产和房贷记录，现在两人一起购买新房，登记两个人名字，没有贷款记录的人申请贷款，二人因共为产权人，从银行按揭贷款买房算二套。
另外购买二套房的首付比例相比首套房也是会上浮的，一般规定贷款首付款比例不得低于50%，当然不同城市规定的首付比例不同，大家以当地的政策为准。